Les entrailles de la Tour Shinra abrite le QG de la terrible armée de Deepground. Elle est inaccessible au commun des mortels et de toute façon, personne n'oserait s'y aventurer. Le Réacteur Mako 0 siège toujours en son cœur, il est le seul encore en activité à ce jour, entretenu et utilisé par Deepground.